Setelah kematian orang tuanya, Yuuto Amakawa menjalani kehidupan yang sangat biasa di kota. Satu-satunya masalah yang dia khawatirkan saat bersekolah bersama Rinko, tetangga sebelahnya, adalah alergi kucingnya. Itu semua berubah pada ulang tahunnya yang keenam belas, ketika Ayakashi — makhluk supernatural — menyerangnya karena dosa nenek moyangnya. Untungnya, dia diselamatkan oleh Himari, seorang wanita kucing misterius dengan pedang, yang menjelaskan bahwa Yuuto adalah keturunan dari keluarga pembunuh iblis, dan dia ada di sana untuk melindunginya sekarang karena pesona yang membuatnya tersembunyi dari hal gaib. kekuatan dunia telah kehilangan kekuatannya.

Omamori Himarimengisahkan hubungan Yuuto dengan berbagai kekuatan dunia supernatural, serta semakin banyak wanita yang muncul di depan pintunya, masing-masing dengan hasrat gelap mereka sendiri. Bisakah Yuuto menyesuaikan diri dengan lingkungan barunya yang “menarik”? Atau akankah hantu dari masa lalunya (leluhur) menyusulnya?