Pada tahun 1923, krisis vampir melanda Tokyo. Diprovokasi oleh perdagangan ilegal “Ascra,” sumber darah buatan, populasi vampir mulai meningkat pesat di dalam kota. Di bawah perintah dari Letnan Jenderal Sounosuke Nakajima, Unit Pasukan Khusus 16 mengumpulkan vampir di dalam militer untuk membuat unit pemburu vampir penyamaran baru yang dikenal sebagai Code Zero.

Memimpin unit ini adalah Kolonel Yoshinobu Maeda. Bertanggung jawab untuk menemukan sumber perdagangan Ascra serta menangkap dan membunuh vampir, dia ditekan untuk menghasilkan hasil yang bermanfaat di tengah meningkatnya kritik yang mengancam untuk menonaktifkan unit. Lebih buruk lagi, para vampir di dalam unit berjuang untuk memahami kekuatan dan identitas baru mereka sekarang karena mereka bukan lagi manusia. Dengan dunia yang bertentangan dengan mereka, anggota Code Zero harus menemukan cara untuk mengekang krisis atau menjadi korban sifat iblis mereka sendiri.