Haruto Kirishima menjalani kehidupan yang tenang di pedesaan, jauh dari kehidupan kota yang serba cepat. Kemudian Yuzuki Eba muncul entah dari mana, datang dari Tokyo untuk tinggal sebentar bersama keluarganya. Waktu mereka bersama membuat dia terpikat dengan ingatan tentang periode singkat sebelum dia tiba-tiba menghilang dari hidupnya, dan meninggalkannya penuh pertanyaan.

Kimi no Iru Machidimulai beberapa waktu kemudian, setelah Haruto pindah ke Tokyo untuk tinggal bersama saudara perempuannya, untuk mengejar karir sebagai juru masak. Tapi kenyataannya dia ingin bersama Yuzuki. Hal-hal tidak dimulai dengan baik. Ketika dia tiba dia dikira sebagai pencuri dan diserang oleh tetangganya Mishima Asuka. Setelah kesalahpahaman dibersihkan, perasaannya mulai goyah. Apakah Eba, yang terus menghindarinya tanpa alasan, satu untuknya atau Asuka?