Sementara sekolah-sekolah lain di Jepang bersaing untuk mendapatkan gelar sebagai tim sepakbola terbaik di negeri ini, klub sepak bola Sekolah Menengah Raimon, Inazuma Eleven , berjuang untuk bangkit dari ambang pembubaran. Cucu kiper dan kapten tim Inazuma Eleven generasi pertama, Mamoru Endou, menerima tantangan untuk mengembalikan bentuk klub yang lama terabaikan. Untuk melakukan ini, dia akan membutuhkan sedikit bantuan dan lebih dari sedikit keberuntungan.

Mamoru Endou menemukan harapan di tangan Shuuya Gouenji, pemain muda brilian yang menyerah pada sepak bola. Mamoru bertekad untuk mendapatkan Shuuya dan anggota baru lainnya untuk bergabung dengan timnya, berapa pun biayanya. Apakah semangat dan tekadnya cukup untuk memperlakukan klub yang sakit? Atau tidak ada lagi harapan untuk tim?