Perang Cawan Suci Kelima di Kota Fuyuki telah mencapai titik balik di mana nyawa semua peserta terancam saat musuh yang tersembunyi akhirnya muncul. Saat Shirou Emiya, Rin Toosaka, dan Illyasviel von Einzbern menemukan sifat nyata yang korup dari bayangan yang telah mengamuk di seluruh kota, mereka menyadari betapa mengerikan situasinya. Untuk melindungi orang yang mereka cintai, kelompok itu harus bertahan melawan kekuatan musuh yang tampaknya tidak dapat diatasi — bahkan jika beberapa dari musuh itu pernah menjadi sekutu mereka, atau mungkin, sesuatu yang lebih intim.

Saat tindakan terakhir dari perang kacau ini dimulai, cita-cita yang Shirou yakini akan segera ditantang oleh dilema yang menyiksa: apakah benar-benar mungkin untuk menyelamatkan dunia di mana segala sesuatunya tampak salah?