Sejak kematian pria yang diyakini sebagai kaisar paling jahat di Britania satu tahun lalu, dunia menikmati perdamaian yang belum pernah terjadi sebelumnya di bawah bimbingan Persatuan Bangsa-Bangsa. Namun, ketenangan yang rapuh ini hancur ketika militan bersenjata berhasil menculik mantan putri Nunnally vi Britannia dan Suzaku Kururugi, kepala penasihat Ksatria Hitam, yang memicu krisis internasional.

Kerajaan Zilkhstan yang kuat dan tidak dapat dipercaya dituduh mengatur penangkapan mereka. Untuk menyelidikinya, otoritas dunia mengirim Kallen Stadtfeld dan rekan-rekannya dalam operasi rahasia ke negara itu. Di sana, mereka bertemu dengan CC penyihir abadi, yang memiliki misi untuk menyelesaikan kebangkitan orang yang bertanggung jawab atas revolusi terbesar dalam sejarah seorang legenda yang akan bangkit, mengambil alih komando, dan menyelamatkan dunia dari bahaya sekali lagi.